Etwas versteckt hinter dem Café und neben dem Drususstein auf der Zitadelle befindet sich im Bau D bereits seit dem Jahr 2003, dennoch fast noch ein Geheimtipp, das Stadthistorische Museum. Das Stadthistorische Museum Mainz ist ein Privatmuseum, das sich durch Mitgliedsbeiträge, Spenden und Eintrittsgelder finanziert. Träger des Museums ist der Förderverein Stadthistorisches Museum Mainz e.V., der sich im Mai 1996 gründete.
Neben einem Überblick über die gesamte Mainzer Geschichte präsentiert es schwerpunktmäßig in sozial- und wirtschaftsgeschichtlicher Ausrichtung Exponate aus dem Alltag des 19. und 20. Jahrhunderts, die bei Besuchern häufig Reaktionen der Wiedererkennung und Erinnerung auslösen. Neben einem Raum für jährlich wechselnde Sonderausstellungen ist der jüdischen Geschichte von Mainz ein eigener, eindrucksvoll gestalteter Bereich gewidmet. In Ergänzung zu den Ausstellungen finden regelmäßig Vorträge, Lesungen ernster und heiterer Natur, Buchpräsentationen und Konzerte statt.